Le contrôle médical permet de suspendre le complément de salaire d'un salarié dont l'arrêt n'est pas justifié, dissuade les velléitaires et encourage les salariés consciencieux.

Une fois en place dans l'entreprise, les salariés hésiteront à utiliser l'arrêt maladie pour justifier des absences pour convenance personnelle, voire comme moyen de pression, sachant que ce procédé pourra être clairement dénoncé. Par ailleurs, le contrôle évite souvent une demande de prolongation injustifiée.
Enfin, on constate très souvent chez les clients l'ayant mis en place, une prise de conscience collective, qui au-delà d'éviter la démobilisation des salariés les plus assidus, entraine une diminution de l'absentéisme.